HAP bakterier
En forholdsvis lille gruppe bakterier som i den videnskabelige litteratur betegnes "Hyper Ammonia Prroducing" eller bare "HAP" bakterier er 100 gange mere effektiv end "normale" proteinnedbrydende bakterier til at skaffe sig energi ved både at nedbryde protein til aminosyrer og videre at nedbryde aminosyrerne til energi + ammoniak + affald.
Når proteinnedbrydende bakterier nedbryder aminosyrer frigiver de normalt en del ammoniak NH3. 
Det sker fordi de fraspalter den amin-gruppe NH2 fra aminosyren, som ved fraspaltning bliver til NH3 - altså ammoniak. Aminosyren tryptofan ses her med amingruppen NH2 med blåt.
Tilsvarende ses aminosyren Lysin her med den primære amin-gruppe NH2 markeret med blåt til højre.
Når HAP bakterier findes i mave-tarm-systemet er de ikke i sig selv sygdomsfremkaldende - patogener - de skaber blot et dårligt miljø i tarmen. Mange patogene bakterier er meget tolerante over for ammoniak og kan let trives i et ammoniak domineret miljø. De mælkesyreproducerende bakterier der normalt bidrager til at bekæmpe de sygdomsfremkaldende bakterier trives derimod generelt dårligt i et tarm-miljø med ammoniak. Herved forskydes balancen mellem "de dårlige" og "de gode" bakterier i en negativ retning.
Ammoniak kan derudover i sig selv virke irriterende på tarmvæggen og det samme gælder for nogle af de andre affaldsstoffer som skabes ved baktiers nedbrydning af aminosyrer.
Det mest kendte affaldsstof fra bakteriers nedbrydning af protein - ud over ammoniak - er skatol som kan opstå ved bakteriernes nedbrydning tryptofan. Skatol er kendt for at afgive en skarp "orne-lugt" fra grisekød under stegning og ved servering. Skatol er et molekyle som grise ikke selv kan producere, men som de optager fra tarmen, når det produceres der. En del af den skatol der bliver optaget fra tarmen bliver nedbrudt af leveren, men en del kan føres med blodet rundt og kan så blive gemt af vejen i fedtceller,
Vore produkter har alle et højt indhold af ellagitanniner som bidrager til at mindske den mikrobielle produktion af ammoniak og andre affaldsstoffer.
Definition af HAP Bakterier
De fleste bakterier som kan skaffe sig energi ved at nedbryde protein har en produktion på ca. 3 nM/NH3/minut/g protein.
HAP bakterier er defineret som bakterier der kan producere mindst 300 mM/NH3 /minut/g protein.
Man har fundet 11 navngivne bakteriearter som har denne evne, hvor nogle er op til 3 gange så effektive som definition besrkriver. Disse bakterier kan ikke leve hvor der er ilt, mange er sporedannende og de findes udbredt i vommen hos drøvtyggere som køer og får, og er også fundet i gødningen fra grise.
Nogle af de affaldsstoffer som disse bakterier producerer er
- cadaverin
- indol
- p-cresol
- putrecin
- skatol
- svovlbrinte
- som alle er betændelsesskabende og skadelige på mange andre måder.
HAP bakteriers aktivitet reducerer den tilgængelige mængde aminosyrer i foderet.
Hver art af HAP bakterier har specialiseret sig i at nedbryde 3-5 aminosyrer. Dermed har de også en evne til at forskyde eller ødelægge den aminosyreprofil som foderet er designet til opfylde for at give optimal aminosyre sammensætning for dyrene.